Le processus d’épuration comprend en premier lieu un ouvrage d’entrée avec dégrilleur pour récupérer les déchets solides. L’eau est ensuite acheminée dans une fosse munie d’un « siphon auto-amorçant » mécanique, le déclenchement du siphon permet de vider la fosse d’environ 10'000 litres en une soixantaines de secondes environ permettant d’inonder la surface du filtre du 1er étage, filtre planté de roseaux de 1.20 m d’épaisseur (phragmifiltre). L’eau est récupérée par un système de drainage sous ce premier filtre, le taux d’abattement est d’environ 70% après cette première filtration. Cette eau est ensuite acheminée dans une 2ème fosse de siphonage, le procédé est identique et permet de répandre les eaux à la surface du filtre du 2ème étage. Les 2 filtres fonctionnent en alternance sur deux à trois sous-secteurs. Ce deuxième filtre joue le rôle d’affinage pour le traitement. Cette SNEP remplace l’ancien système d’épuration par lagunage de Lajoux qui ne permettait plus de respecter les exigences de l’OEaux.
Ce type d’installation comporte de nombreux avantages, notamment au niveau énergie et entretien. L’énergie consommée pour le processus d’épuration est nulle : seul le système de dégrillage en consomme. L’entretien est largement simplifié, ce qui représente des économies pour la Commune. L’installation s’intègre parfaitement dans le paysage avec ses 10'000 roseaux. La quantité de béton utilisé est également largement inférieure à celui d’une STEP classique. Finalement, dans le cas de Lajoux, le rejet de la SNEP s’effectue dans un cours d’eau qui a été remis à ciel ouvert dans le cadre d’un projet de revitalisation associé au projet.
Bien qu’original et largement répandu en Europe, ce type de solution n’est pas destiné à remplacer toutes les STEP classiques en Suisse ! Ces installations requièrent de la place, un bassin versant sans trop d’industries et des charges relativement constantes. Bien que d’aspect naturel, une SNEP telle que celle de Lajoux fonctionne avec des processus complexes en interactions constantes dans le domaine biologique (dégradation bactérienne des eaux usées, interaction avec les racines des roseaux…), chimiques (réaction avec le substrat), physique (décantation, filtration lente à travers les pores du substrat), etc.
Plusieurs SNEP sont présentes dans le canton du Jura et dans d’autres cantons en suisse romande. Ce sont des solutions originales à considérer au cas par cas en fonction des conditions locales, des caractéristiques des milieux récepteur et des exigences de traitement.
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