Diversité d'espèces inattendue dans les lacs préalpins

Une diversité d’espèces inattendue 

Plusieurs espèces de vairons en Suisse

Le Projet Lac a également permis de recenser des espèces dont la présence n’avait encore jamais été soupçonnée dans la zone géographique étudiée. Chez les vairons, on pensait ainsi jusqu’en 2017 que deux espèces étaient présentes en Suisse dans le pourtour des Alpes: le vairon commun (Phoxinus phoxinus) au nord et le vairon italien (P. lumaireul) au sud. Or les nouvelles analyses génétiques ont révélé qu’aucun des échantillons de vairon prélevés en Suisse ou dans les régions limitrophes ne correspondait à P. phoxinus. Parmi les échantillons prélevés dans le Tessin, un correspondait bien à P. lumaireul mais tous les autres appartenaient à deux espèces non indigènes. Quelques échantillons du Léman et tous ceux du lac de Chalain correspondaient au vairon du Vidourle (P. septimaniae), une espèce que l’on croyait limitée à la partie méridionale du bassin du Rhône. Les lacs du bassin rhénan et le lac de Sils (bassin du Danube) abritaient principalement l’espèce ponto-caspienne P. csikii mais le vairon du Vidourle y était également présent de façon sporadique et, curieusement, il était prédominant dans tous les cours d’eau du bassin de l’Aar en aval des lacs.

Chez le vairon ponto-caspien, deux lignées génétiques différentes ont été identifiées, l’une occupant les lacs du système Aar-Reuss-Limmat, l’autre ceux de Sils et de Poschiavo et les cours d’eau de l’est de la Suisse. Une diversité d’espèces tout aussi méconnue a également été dévoilée dans plusieurs autres groupes d’espèces (voir rapport de synthèse).

Les différentes espèces de vairons se ressemblent beaucoup physiquement et ne se distinguent que par de petites différences de morphologie et de coloration (fig. 5). Pour l’heure, seules les analyses génétiques permettent de les distinguer correctement. Les vairons servent de poissons d’appât pour la pêche et sont très appréciés pour agrémenter de leurs couleurs étangs et aquariums. Ils sont ainsi disponibles dans le commerce où leur origine est aussi variée que généralement inconnue. Les poissons surnuméraires ou devenus indésirables sont souvent relâchés dans la nature. Il se peut alors que certaines espèces de vairons s’implantent hors de leur aire de répartition naturelle sans que cela ne soit remarqué, ce qui pourrait expliquer la vaste distribution de certaines d’entre elles.

Espèces redécouvertes

Les études ont permis de retrouver deux espèces endémiques que l’on croyait disparues: l’omble des fonds du lac de Constance (Salvelinus profundus, «Tiefseesaibling») et l’omble nain des fonds du lac des Quatre-Cantons (Salvelinus sp. «Profundal-dwarf VWS») [18]. Par ailleurs, la coloration nuptiale de l’omble des fonds du lac de Constance a pu être observée pour la première fois. Dans beaucoup d’autres cas, la disparition des espèces, surtout endémiques, a malheureusement été confirmée.

Une diversité sous-estimée même chez les poissons communs: le cas de la perche

Une diversité d’espèces inattendue a également été observée dans différents groupes. Ainsi, dans une grande partie de l’Europe, la perche fluviatile se reconnaît à ses nageoires rouges et aux quatre à six stries verticales en forme de V qui ornent ses flancs. Or dans les lacs étudiés, les perches présentaient de fortes variations dans la couleur des nageoires ainsi que dans la forme et le nombre des stries. Tous les lacs abritaient des perches à nageoires rouges. Mais tandis qu’elles étaient prédominantes dans les lacs préalpins du sud et dans les petits lacs des deux côtés des Alpes, elles étaient rares dans les grands lacs préalpins du nord où les perches à nageoires jaunes et à stries fines et abondantes prédominaient (fig. 6).

Les deux formes de perche ont été étudiées dans de nombreux lacs aussi bien sur le plan morphologique qu’écologique et des différences ont été constatées dans différents plans d’eau [17]. Jusqu’à présent, des analyses génétiques n’ont été effectuées que sur des individus du lac de Constance. Elle attestent de différences génétiques significatives entre les perches à nageoires jaunes et à nageoires rouges [20].

Erreurs de détermination et introductions passées inaperçues

Jusqu’à présent, deux espèces de loches étaient considérées comme indigènes en Suisse: l’espèce italienne (Cobitis bilineata) dans le bassin du Pô et l’espèce septentrionale (C. taenia) au nord des Alpes (fig. 7). De ce fait, toutes les loches pêchées au nord des Alpes étaient attribuées à la seconde. Curieusement, toutes les loches capturées (au nord et au sud des Alpes) dans le Projet Lac ressemblaient physiquement à l’espèce italienne, à l’exception d’un exemplaire du lac de Bienne qui ne pouvait être rattaché à aucune des deux espèces. Les analyses génétiques ont confirmé qu’il s’agissait sans exception de la loche italienne. Il s’avère ainsi que l’espèce septentrionale n’a pu être détectée dans aucun des lacs et cours d’eau suisses étudiés. De même, les spécimens de loches du lac de Bienne datant des années 1930 conservés dans des musées se sont avérés appartenir à l’espèce italienne, ce qui indique qu’une erreur de détermination s’est probablement produite par le passé.

Chez le rotengle également, des erreurs de détermination ont conduit à des descriptions erronées de la faune. Au stade adulte, le rotengle (Scardinius erythrophthalmus) se distingue aisément de son congénère italien (S. hesperidicus, scardola italiana) par ses nageoires rouges et non pas noires. Chez les juvéniles, la détermination est beaucoup plus difficile car les jeunes rotengles italiens présentent également des nageoires rouge orangé. L’aire de répartition originelle de l’espèce italienne se situe dans le bassin du Pô et comprend le Tessin tandis que le rotengle est commun en Europe au nord, à l’est et à l’ouest des Alpes [16]. Dans le Projet Lac, le rotengle a effectivement été détecté dans la quasi-totalité des lacs du versant nord tandis que l’espèce italienne était observée dans tous les lacs du sud (fig. 8). Fait plus surprenant, S. hesperidicus a également été capturé dans 12 lacs du nord des Alpes ainsi que dans le lac de Sils. Dans la plupart des cas, il était possible de distinguer les deux espèces au vu de la coloration et de la morphologie et cette détermination était confirmée par les analyses génétiques. Dans certains lacs, cependant, le phénotype ne correspondait pas toujours au génotype, ce qui suggère qu’une hybridation des deux espèces s’y est produite. La présence de l’espèce italienne dans les lacs du nord est probablement due à une introduction involontaire d’origine anthropique.

Espèces exotiques ou étrangères à la région

Aujourd’hui, les espèces introduites, étrangères ou exotiques représentent déjà plus de 20 % des espèces de poissons présentes en Suisse. Dans le lac Majeur, en particulier, qui compte déjà 14 espèces exotiques pour 22 indigènes, l’éviction des espèces autochtones est un risque réel suite aux interactions écologiques et/ou aux phénomènes d’hybridation.

Le cas du gardon dans les lacs italo-suisses illustre bien l’impact de l’hybridation des espèces indigènes et introduites. Trois espèces de gardons ont été recensées en Suisse: le gardon (Rutilus rutilus) dans les bassins du Rhin, du Rhône et du Danube d’une part, le triotto (R. aula) et le pigo (R. pigus) dans le bassin du Pô d’autre part (fig. 9). Les données du Projet Lac confirment le recul dramatique du pigo et du triotto dans les lacs italo-suisses ainsi que d’une prolifération du gardon dans ces mêmes lacs. Le pigo et le triotto sont aujourd’hui très rares dans le lac de Lugano et dans le lac Majeur. Dans ce dernier, des poissons identifiés comme des pigos à partir des caractères morphologiques se sont, d’autre part, avérés être des triottos sur le plan génétique. De même, des gardons du nord présentant des gènes de pigo ont été découverts dans le lac de Lugano.

Ces résultats prouvent que l’invasion de ces lacs par le gardon du nord a conduit à des hybridations et des croisements avec les deux espèces indigènes. Suite à la prédominance du gardon introduit, il est à craindre que les derniers peuplements de pigo et de triotto aillent se fondre génétiquement dans l’espèce septentrionale. Dans les lacs abritant le gardon du nord, seules les analyses génétiques permettent aujourd’hui de distinguer les espèces des hybrides.

Conclusions

Comparés au reste de l’Europe, les lacs préalpins présentent une faune piscicole très diversifiée de composition très particulière. La richesse en espèces endémiques adaptées au froid, qui vivent majoritairement dans les fonds et la zone pélagique des lacs, y est exceptionnelle. La coexistence de ces espèces d’eau froide avec une multitude d’espèces appréciant la chaleur fait de ces lacs des milieux uniques. Reliques de l‘époque glaciaire, les espèces d’eau froide ont survécu dans les grands lacs profonds et ont créé de nouvelles espèces. Ces lacs sont par ailleurs proches des refuges glaciaires méridionaux, de sorte qu’ils ont également été colonisés par une multitude d’espèces appréciant la chaleur qui occupent aujourd’hui les zones peu profondes qui se réchauffent fortement l’été.

Grâce à l‘inventaire standardisé des peuplements pisciaires de tous les habitats et de toutes les profondeurs combiné à des analyses morphologiques et génétiques détaillées, le Projet Lac a permis, pour la première fois, d’appréhender et de représenter la biodiversité réelle des lacs. Les études ont mis à jour de nombreuses espèces inattendues, dont certaines étaient jusqu’alors inconnues des scientifiques. D’autres étaient réputées disparues ou n’avaient jamais été détectées en Suisse. De même, certaines espèces ont été découvertes au nord des Alpes alors que leur présence n’était jusqu‘alors attestée qu’au sud.

Mais nos connaissances sur la diversité des espèces de poissons présentes dans les lacs Suisses doivent encore être approfondies et devront, à l’avenir, être régulièrement actualisées. Nous devons mieux comprendre la taxonomie, la distribution, l’écologie, l’évolution des espèces ainsi que leurs différences génétiques, phénotypiques et écologiques. Car seul ce savoir peut garantir une gestion durable des espèces et une préservation de la biodiversité. Beaucoup trop d’espèces piscicoles ont déjà disparu au cours des 150 dernières années [21].

Recommandations pour la préservation de la biodiversité

Différentes recommandations peuvent être formulées pour la protection et la bonne gestion de ces communautés piscicoles exceptionnelles:

• Pour assurer une bonne identification des espèces, il est nécessaire d’entretenir les connaissances taxonomiques existantes, de les approfondir si nécessaire et d’encourager leur acquisition. Il convient par ailleurs de développer l’usage combiné d’analyses génétiques et d‘études morphologiques. Seule une telle approche permettra de recenser correctement la diversité spécifique.
• La gestion halieutique des milieux aquatiques ne doit pas être une menace pour la biodiversité autochtone. Il convient encore et toujours d’éviter l’introduction d’espèces étrangères au milieu. Les règles énoncées pour la pêche et les repeuplements piscicoles doivent garantir la protection des espèces endémiques, rares ou menacées. En particulier, la reproduction artificielle d’espèces non clairement identifiables et le repeuplement avec ces individus sont à considérer d‘un œil critique d’un point de vue de la conservation des espèces. Dans les écosystèmes permettant la reproduction naturelle des poissons et abritant de nombreuses espèces endémiques, il convient de renoncer à la pratique du repeuplement piscicole.
• Le commerce de poissons d’appât et de poissons d’ornement pour étangs et aquariums doit être mieux contrôlé, de même que leur origine et leur utilisation, et la réglementation en vigueur doit être mieux respectée. Les pêcheurs et aquariophiles doivent être sensibilisés aux conséquences du lâcher de tels poissons dans la nature.
• La biodiversité exceptionnelle de nos lacs est encore trop mal protégée. Une seule des espèces endémiques de Suisse (le Tiefseesaibling du lac de Constance) bénéficie aujourd’hui du statut d’espèce prioritaire au niveau national [22]. D’autres espèces endémiques devraient également bénéficier de ce statut de protection.
• Les lacs riches en espèces endémiques ne bénéficient pas aujourd’hui d’une protection particulière. Une trop faible importance est ainsi accordée à la protection de ces écosystèmes en tant qu’habitat d'espèces endémiques. Les points chauds de la biodiversité piscicole doivent être mieux protégés.
• On connaît encore trop peu les exigences écologiques (en termes d’habitat, de zones de reproduction, d’alimentation, etc.) et la distribution de beaucoup d’espèces, en particulier de celles qui n’intéressent pas la pêche et qui sont difficilement identifiables. Ces lacunes doivent être comblées si l’on souhaite protéger efficacement toute la biodiversité.